Aunque la cirugía laparoscópica ha demostrado ventajas sobre la convencional, es importante recordar que no toda la cirugía se puede realizar mediante endoscopia y que en ocasiones, aun pudiéndose realizar, puede no ser la elección más conveniente. Así pues, existen casos en los que el riesgo quirúrgico invalida la técnica en sí.

La elección de la vía quirúrgica a utilizar debe ser siempre objeto de discusión con el facultativo encargado y ser evaluados los pros y contras de manera particular con cada paciente. El interés de la paciente, la experiencia del cirujano en cada técnica y la patología a resolver son de suma importancia para decidir el tipo de vía quirúrgica a utilizar. Por otra parte, la vía laparoscópica no excluye la posibilidad de realizar una cirugía abierta en el mismo acto quirúrgico, lo cual amplía las posibilidades de la laparoscopia como elemento decisorio sobre la vía quirúrgica definitiva.

En general, los casos de cirugía abierta tienen una recuperación más lenta y algo más dolorosa. Las cicatrices son de mayor tamaño y la cicatrización más lenta, por lo que las estancias hospitalarias suelen prolongarse 2 ó 3 días más. De manera proporcional, el reinicio de la actividad habitual se demora también más tiempo (aproximadamente 2-3 semanas).